Duchovny, 2008 yılında gönüllü olarak bir kliniğe yattı ve tedavi gördü. Ancak bu bağımlılığı ilerleyen zaman içinde onu Tea Leoni ile olan evliliğinden etti. Bu süreçte ilişkileri yıpranan çift barışsa da evliliklerini 2014 yılında sonlandırdı.