Ancak bu dönemden henüz bulunamamış bir başka efsanevi kraliyet mumyası var ki, ne zaman bu kraliyet mezarlığında yeni bir keşif yapılsa adı gündeme geliyor: Güzel Kraliçe Nefertiti. Tutankhamun’un babası Akhenaten’in esas karısıydı. Tutankhamun’un annesi ise adını bilmediğimiz başka bir kadındı. Yani Nefertiti, Tutankhamun’un üvey annesiydi.
Tutankhamun’un aile bağları, o dönem kraliyet ailesi arasında yaygın olan ensest geleneği nedeniyle daha da karmaşık bir hal alıyor. Tutankhamun, Nefertiti ile Akhenaten’in kızları olan, yani yarı kardeşi Ankhesenamun ile evlenmişti. Yani Tutankhamun'un üvey annesi Nefertiti aynı zamanda ünlü firavunun kayınvalidesiydi.